莱州历史悠久，据古遗址考证，约六千多年前新石器时期，境内就有人类繁衍生息。

唐尧、虞舜时，为莱夷地。夏朝，东夷族建过国，治所过城在今城区以北过西村东，后被夏后所灭，仍归夏朝，属青州。商朝，为莱侯国，莱都在今城区西南胶莱河附近，属营州。周春秋时，为莱子国。周灵王五年(前567)，齐侯灭莱，迁莱子于，在齐国之东，始称东莱，属齐国。战国时，置夜，治所为夜邑，在今城区附近，属齐国。齐襄王五年(前279)，襄王“益封安平君(田单)以夜邑万户”，境域东至黄海。秦朝，为齐郡东境。刘项相争时，为胶东郡地。西汉，高祖四年(前203)，在今市境置掖、当利、阳乐、阳石、临朐、曲成6县，均隶青州东莱郡，郡治掖县城。掖县，以掖水命名，县城在今市城区。境域南起今柞村(与阳石县接界)，北至今路个庄(靠临朐县)，东至今驿道(邻曲成县)，西临渤海，西南至今神堂(连阳乐县)。当利故城在今路旺镇侯家村，县南境达平度县灰埠一带。阳乐故城在今路旺镇杲村。阳石故城在当利故城东今夏邱堡北，县南境到大泽山，东达今郭家店。临朐故城在今大原镇朱旺村，曲成故城在今招远西曲成村，西曲成以西和西南之地均在今莱州市境。［新］王莽时，改掖为掖通，当利为东莱亭，阳乐为延乐，阳石为识命，临朐为监朐，曲成县未变，仍隶青州东莱郡。东汉，光武帝建武二年(公元26)，复西汉时县名。撤销临朐、阳乐、阳石三县并入掖，撤利卢(莽改平度为利卢)并入当利，又改掖，当利为侯国，曲成未变，均隶青州东莱郡，郡治迁黄县城。

三国时，魏改侯国为县。今市境内有掖、当利、曲成3县。均隶青州东莱郡。西晋，武帝泰始元年(265)，改掖、当利为侯相，曲成未变。改东莱郡为东莱国，国治迁回掖城。东晋、十六国时，晋元帝建武元年(317)，晋室南迁，掖、当利二侯相和曲成县先后由后赵、前燕、前秦、后燕、南燕等国统辖。晋安帝义熙六年(410)，刘裕灭南燕，复归晋朝统辖。掖、当利二侯相复改为县，曲成未变，均隶青州东莱郡。南北朝，自宋武帝永初元年(420)到明帝泰始六年(470)，北魏夺取青州前，境内掖、当利、曲成3县归南朝刘宋统辖，隶青州东莱郡，郡治迁曲成县城。北魏夺得青州后，境内3县归北魏统辖。献文帝皇兴四年(470)，分青州东部置光州，治所设掖城，以境内光水(今三里合子河)命名。又分曲成为东西两县。境域内为掖、当利、西曲成、东曲成4县。掖、西曲成、东曲成属东莱郡，郡治迁回掖城。当利县属长广郡，郡治胶东城(今平度城)。当利南境原平度县地划归胶东县。东魏沿之。北齐文宣帝天保七年(556)，当利、西曲成、东曲成3县并入掖县，其境域东达今招远东境，仍隶光州东莱郡。北周沿之。隋朝，境域为掖县。文帝开皇五年(585)废东莱郡，改光州为莱州，仍治掖城。炀帝大业三年(607)，改莱州为东莱郡。唐朝，高祖武德四年(621)，改东莱郡为莱州，州治掖城。从掖县析出当利、曲成、曲台(县城在掖城北关村北50米处)3县，亦属莱州。太宗贞观元年(627)，当利、曲成、曲台3县并入掖县。玄宗天宝元年(742)，改莱州为东莱郡。肃宗乾元元年(758)，复为莱州。五代时，梁、唐、晋、汉、周均为掖县，隶莱州。北宋沿之。金代仍为掖县，隶莱州。金太宗天会九年(1131)，划出掖县东部原东曲成县地和黄县西南部地置招远县(县城罗峰镇)。掖县东境驿道邻招远县，北至城后万家亦接招远县，西南至沙河、土山一带靠平度县，与今市域基本一致，后边界村庄虽有划进划出，但无大变更。元朝沿之。明朝仍为掖县，隶莱州府。府治掖城。清朝沿明制。

民国时期，1913年裁撤莱州府，1914年掖县属胶东道(治烟台)。1925年改属莱胶道(治胶县)。1928年废道，以县为自治单位，掖县直属山东省。1938年2月，日军侵占掖城，国民党县政府迁到消水庄村后解体。3月，中共掖县县委领导玉皇顶抗日武装起义，推翻日伪政权，建立掖县抗日民主政府。8月，以掖、黄、蓬莱三县抗日民主政权为基础，成立胶东北海行政督察专员公署，专署驻黄县。1939年12月，掖、黄、蓬莱三县行政联合办事处在掖县周官庄成立。

1940年11月，胶东区党委在掖县成立西海地区行政专员公署，并以掖城大十字口为界将掖县南部划出成立掖南县。掖县、掖南县，均隶西海地区。

中华人民共和国建立初，仍为掖县、掖南县，县政府分别驻掖城和湾头村。1950年5月，改属莱阳专区。1952年掖南县政府迁沙河镇。1956年3月，掖南县全境并入掖县，恢复掖县境域。1958年11月，改属烟台专区。1983年11月，属烟台市。1988年4月，撤销掖县，建立莱州市(因古莱州府驻地得名)，为山东省辖县级市，烟台市代管。